З самого початку ряд діячів чехословацької еміграції та знайомих Масарика були переконані, що насправді його вбили, ймовірно, агенти комуністичних спецслужб Чехословаччини та, можливо, СРСР. Справу намагались відновити під час Празької весни 1968 року. Офіційно вона розслідувалась після Оксамитової революції 1989 року. У 2021 році справу закрили, не дійшовши однозначного висновку про причини смерті Яна Масарика, хоча й не виключили ймовірності вбивства.
Як зазначається в опублікованій напередодні інформації поліції, тепер отримано нові документи, зокрема з архівів США та Франції, які дозволили відновити розслідування за статтею про вбивство. Чеські ЗМІ, зокрема, пишуть про свідчення одного з колег Масарика, згідно з яким в ніч перед його загибеллю його відвідували троє невідомих, з якими він говорив на підвищених тонах і стверджував, що не виконуватиме їхні вимоги: "Тільки через мій труп!" Поки невідомо, чи є в документах прямі докази і вказівки на можливих винуватців вбивства. Розслідування проводитиме управління з розслідування злочинів комуністичного режиму.
Ян Масарик – син першого президента Чехословаччини Томаша Гарріга Масарика. Він очолив МЗС в уряді Чехословаччини в еміграції після нацистської окупації країни, залишився на чолі міністерства після звільнення у 1945 році. На відміну від інших міністрів-демократів, не подав у відставку під час лютневих подій 1948 року, коли комуністи захопили владу в країні, і загинув на посаді міністра. Комуністи інтерпретували його загибель так, що Масарик вирішив співпрацювати з ними, але під тиском свого буржуазного оточення впав у депресію і покінчив з собою. Існують свідчення про те, що Масарик планував емігрувати.